Sonic 3 è il terzo capitolo focalizzato sull'alieno blu simile a un riccio con il potere della supervelocità.
In questo terzo capitolo Sonic, Knuckles e Tails si ritrovano a dover fronteggiare un nuovo e potentissimo nemico: Shadow, un misterioso villain con poteri mai visti prima d'ora. Con le loro capacità messe alla prova in ogni modo, il Team Sonic deve cercare un'alleanza inaspettata per fermare Shadow e proteggere il pianeta terra.